まず、解説用として以下のようなレイアウトで話を進めていきます。

まず、ポータルの中間あたりに平地作成で60mmの平地を作成します。

平地は1マス×数マスの細長い面積でも十分です。
次に、線路が埋もれないようにトンネル入り口に0mmの平地を作成します。

そして、0mmと60mmの境界線あたりをドリル(10mm)でグリグリ開けていくとこんな感じに仕上がります。

場合によってはテスクチャーのないところが見えてしまう事もあるので適宜調整して下さい。
このトンネルを実感的に見せるためにいろいろいじくっていきます。